Sau khi Trung Hoa Dân Quốc được thành lập, Vu Hữu Nhiệm giữ chức Thứ trưởng Bộ Giao thông vận tải trong Chính phủ Lâm thời, nhưng chưa đầy ba tháng sau đó, chính phủ của Tôn Trung Sơn buộc phải từ chức. Sau khi Viên Thế Khải nắm quyền kiểm soát chính phủ và Dân lập Báo bị đóng cửa, Vu đã bị chính phủ của Viên Thế Khải đưa vào danh sách truy nã. Năm 1918, Vu trở về tỉnh Thiểm Tây, nơi ông trở thành chỉ huy của các lực lượng hoạt động cách mạng ở phía tây bắc trong phong trào bảo vệ Hiến pháp chống lại Viên Thế Khải. Năm 1922, chức vụ chỉ huy của ông bị giải tán và ông quay lại Thượng Hải, nơi ông thành lập Đại học Thượng Hải cùng với Diệp Sở Sanh (葉楚傖) và đảm nhận chức vụ chủ tịch của trường. Năm 1925, ông được lệnh tổ chức cùng với Ngô Trĩ Huy, Uông Tinh Vệ, và những người khác của ủy ban chính trị để giải quyết các công việc của đảng. Năm 1927, Vu trở thành thành viên thường trực của ủy ban chính phủ Quốc dân Đảng. Trong năm sau, ông cũng được bổ nhiệm làm Giám đốc Kiểm toán. Năm 1932, Vu Hữu Nhiệm đảm nhận chức vụ Viện trưởng của Giám sát viện.

Năm 1941, cùng với các thành viên khác trong giới văn hóa nghệ thuật, Vu sáng kiến ​​đặt tên cho ngày 5 tháng 5 âm lịch hàng năm là Ngày của nhà thơ. Ông cũng gặp bậc thầy hội họa hiện đại Trương Đại Thiên (張大千) tại Đôn Hoàng, Tây Bắc Trung Quốc và nhận ra mức độ tàn phá đã xảy ra đối với di sản văn hóa và nghệ thuật tại Đôn Hoàng. Sau khi trở về trụ sở chính phủ ở Trùng Khánh, ông lập tức đề xuất thành lập Học viện Nghệ thuật Đôn Hoàng.

Sau khi Trung Quốc Đại lục rơi vào tay các lực lượng Cộng sản, Vu Hữu Nhiệm theo chính phủ Quốc dân đảng Trung Quốc đến Đài Loan vào năm 1949 ở tuổi 71.